La sua costruzione fu affidata all’architetto Raffaello Zanobi di Pagno, che iniziò le fondazioni dei pilastri delle arcate tra il 1588 e il 1592; poiché nel 1594 questi si ammalò, la direzione del cantiere fu affidata all’ingegner Andrea Sandrini che portò a conclusione l’opera nel 1613.
Per finanziare la costruzione dell’acquedotto furono utilizzati i proventi della tassa sul sale e i ricavi della vendita dei pini, durante i lavori; l’acquedotto ebbe lo scopo di portare l’acqua sorgiva caduta sui Monti Pisani alle fontanelle cittadine per oltre tre secoli.

Oltrepassati vari "Bottini di raccolta idrica" troviamo un ponticello dove vi è un pannello esaustivo sui percorsi della valle e per quanto ci riguarda, tra i due sentieri che possiamo scegliere per arrivare a Mirteto, noi scegliamo a sinistra e quindi attraversiamo il ponticello. Uno è il 6 fino all'intersezione con il 7, di qui seguiamo quest'ultimo fino a M.. L'altro è continuando per il 4 fino ad incrociare il 2.
D'ora in poi seguiamo i segni di sentiero C.A.I. (due pennellate di colore bianco e rosso) e iniziamo a salire, dopo una mezz'ora iniziamo a vedere gli alberi da frutto, relitti delle coltivazioni dei passati abitanti, di qui a poco arriveremo a poter vedere la visuale qua sotto, e siamo arrivati a mirteto o di quel che ne rimane...

L'area protetta presenta un notevole interesse sotto il profilo storico. Il monastero di S. Maria di Mirteto risalente all'anno 1000 e successivamente sviluppatosi in un insediamento più ampio, abitato fino agli anni 50, pur trovandosi attualmente in uno stato di forte degrado, rimane ancora oggi meta di un continuo escursionismo interessato.
L'antropizzazione del monte si sviluppò successivamente, e a partire dal 1600 sono rilevanti gli aspetti produttivi determinati dalla coltivazione del castagno da frutto che ha modellato i versanti della vallata con la costruzione dei caratteristici "muri a lunetta" e la creazione di terrapieni ancora oggi presenti. Con l'abbandono dell'area in epoca post bellica, al castagno si sostituisce una vegetazione di successione secondaria (latifoglie) che soffoca quasi completamente gli esemplari rimasti. Solo nel vallone culminale, il castagneto presenta ancora il carattere di monospecificità.

Sempre intorno al 1600 cospicui interventi di sfruttamento della risorse idriche vennero realizzati all'interno del programma di approvvigionamento idrico della città di Pisa sotto la guida di Ferdinando I e Cosimo De' Medici, le opere di regimazione del torrente risultano di notevole interesse dal punto di vista idraulico con le numerose serre e i bottinelli "di troppo pieno" con funzione di riduzione della pressione nella tubazione.
Numerosi lungo la valle sono i bottinelli di raccolta delle acque e le fonti di pubblico utilizzo.